A teoria mais aceita pelos geólogos é de que o rio Amazonas formou-se a partir de um grande golfo, que originalmente se abria ao Oceano Pacífico. Com a separação do super continente Pangea há 130 Ma (particularmente, a quebra do Gondwana, o continente formado antes do Pangeia pela junção da Africa, América do Sul, Antártica, Arábia e Austrália) o deslocamento da placa americana para oeste gera a formação da cordilheira dos Andes há 65 Ma, esse golfo fechado a oeste, se abre para leste pela captura de drenagem vinda do Atlântico, tendo o grande rio assim se formado (ver teoria das placas tectônicas). Sua origem explica o fato de o rio Amazonas apresentar inclinação muito pequena.
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